年10月，中共清河特委改组后，为了保卫、巩固党的组织，决定建立锄奸保卫工作机构，调临淄县委书记胡维鲁任清河特委社会科长，开展党内锄奸。年4月，山东分局又派王墨庭到清河区，直属特委组织部领导，从事锄奸工作。党内锄奸的主要任务，一是清除混进党内的汉奸、敌探和不纯分子，二是防止敌探、汉奸和不纯分子混入党内。锄奸工作绝对秘密，上下之间一律单线联系。
清河区公安局局长李震年秋，清河地委决定在寿光牛头镇举办一期锄奸保卫干部训练班，受训人员10人左右，结业后分配到寿光、四边、临淄、桓台、邹平等县开展锄奸保卫工作。
年初，清河地委成立社会部，由组织部长苏杰兼任社会部长。同年秋，地委在举办的党员干部训练班中挑选十余名学员转为锄奸保卫干部，结业后分配到广饶、博兴、长山等县建立社会科。至年底清河区大多数县都建立了社会科。
年1月，山东分局派李震到清河区党委任社会部长。他到职后，积极开展工作，建立、整顿锄奸保卫组织。区党委社会部设置社会科、教育科、干部科、审讯科、侦察科、总务科和政治保卫队(连的建制)。清东地委和清西地委也建立了社会部，清东地委社会部长王墨庭，清西地委社会部长于海东。清中地委未建立社会部，锄奸保卫工作由区党委社会部代管。各县社会科统一改称社会部，县辖各区设特派员，乡设锄奸工作网。从此，清河区自上而下地建立了锄奸保卫工作体系。
年2月15日，山东分局决定“撤销各级社会部，成立各级公安局”。清河区行署遵照山东战时工作推行委员会(简称省战工会)的命令，建立了各级公安局。清河区行署公安局局长李震，清东专区公安局长丁士采，副局长张剑，清西专区公安局长郑中哲，清中专署公安局特派员李金亮。年底，根据上级指示，公安局与军队锄奸保卫机构合署办公，李震兼任清河军区保卫部部长。
清河区行署公安局成立时，正是抗日战争最艰苦困难的时期。在日伪“扫荡”频繁的情况下，行署公安局积极开办公安干部训练班，扩大队伍，健全组织。年至年，先后举办了5期训练班，训练干部余人。山东省举办锄奸干部训练班时，也两次派学员到清河区行署公安局学习。当时斗争残酷，环境恶劣，公安干部不断减员，由于培养了干部，使队伍得到及时补充，保证了队伍的巩固健全。至年底，全区共有锄奸干部名。13个县建立了公安局，79个区设立了特派员，全区个自然村，有个村选举了公安员，另有锄奸组长名，网员多名。
撤销社会部成立公安局，是由党内秘密锄奸，转为公开发动群众进行社会化锄奸，是锄奸斗争的一个转折。年至年，由于锄奸工作神秘化，孤立主义倾向严重，对社会锄奸缺乏领导，又加对党的锄奸政策贯彻不力，锄奸工作中普遍存在“左”的倾向，乱捕乱杀现象严重。为了纠正乱捕乱杀的严重问题，年2月李震主持召开各县锄奸干部联席会议。会上学习讨论了省战工会颁发的《人权保障条例~，学习了罗荣桓、李竹如关于锄奸保卫工作的指示，介绍了德绥锄奸工作经验，制定了批捕、呈报、转送手续制度，把杀人权收到地区，并强调：凡不依照手续制度捕杀人者，一定要追究责任。公安局成立后，乱捕乱杀问题有所制止，但又出现了另一种倾向：一部分锄奸干部对党的锄奸政策不够理解，在工作中表现了消极、对立情绪。有的埋怨锄奸政策“右”了，工作不好干，要求调动岗位。一些坏分子则大喊“好了！县长也没有杀人权了，干吧。”
针对出现的这些问题，行署公安局领导及时做工作，在锄奸干部中特别是领导干部中反复学习、宣传党的政策，“不枉杀一个，也不错放一个”，“要镇压那些坚决的汉奸、坚决的反共分子，但不要多杀人，决不牵连任何无辜分子。对动摇分子与胁从分子应有宽大的待遇，对一切犯人要坚决废止肉刑，重证据而不轻信口供。敌军、伪军、反共军的俘虏，除个别为群众所痛恨非杀不可的人，应一律采取释放政策，其中被迫与多少带有革命性的分子，应大批争取为我服务，其他则一律释放，如其再来，再捉再放，不加侮辱，不搜财物……”，并把这些政策和规定编印成小册子发到基层锄奸人员。行署公安局还编写了村公安手册，对公安员进行锄奸任务和锄奸政策教育。经过细致的工作，广大锄奸干部认识到了执行政策的重大政治意义，把正确的掌握政策变成了各级锄奸干部的自觉行动，全区的公安锄奸工作取得了重大成绩。
侦察破案，打击敌特汉奸是公安机关的重要工作之一。行署公安局建立后，工作条件差，侦察工作是凭着公安干部的吃苦耐劳精神、勇敢和智慧去完成的。冬天熬风雪斗严寒，夏天不怕炎热酷暑蚊虫叮咬，秘密进行工作，有时冒着生命危险深入敌区侦察情况。年，全区破获各类案件多起，处决83人。年摧毁敌人特务队35个，消灭敌探和特务分子名，破获各类案件多起，还抓获了日军张店空兵队高级联络员李玉峰和从济南派出的高级特务王守荣，击毙雄县宪兵队长禹板(日军)。群众反映这样的锄奸才真锄到特务汉奸的头上了。对革命队伍中出现的叛徒，公安机关也给予了严厉打击，坚决惩处。吴吉亭原是八路军第八支队的大队长，随着抗日形势的恶化，他投机革命的真相毕露，逃离革命队伍。
投靠国民党顽固派、国民党山东保安第十五旅旅长张景月后，被委任为政工团长，先后制造了“浊北惨案”和“北河惨案”，杀害近百名抗日干部和积极分子。他还大搞反革命宣传，发表反革命演说，逼迫抗日干部和积极分子写“悔过书”、“反共启事”。吴吉亭罪恶累累，罄竹难书。清河区行署公安局决定把除掉吴吉亭的任务交给寿光县公安局。经过精心部署，在寿光邢姚集上把吴吉亭击毙，一时根据地民心大振。许清林(许狗子)原是蒲台县公安局的工作人员。由于他向蒲台县伪县长徐秉义告密，使蒲台县委县府机关受到袭击。蒲台县公安局长陈祝兴和五名公安局干部战士，在掩护县委县府突围中壮烈牺牲。因为告密有功，许狗子被徐秉义封为日伪小队长，住在道旭据点。蒲台县公安局政卫队长王秉忠在侦察得知许狗子准备结婚的情报后，化装闯进洞房把许狗子抓获处决。群众奔走相告，公安局夜杀许狗子被神话般的传开。
为了及时掌握日伪军的动向，行署公安局建立初期就建立了情报工作，搜集敌情。行署公安局情报科先后派出刘杰等以开药铺、摆杂货摊、干伪事等作掩护，到广北六户镇、寿光县羊角沟、昌乐、潍县、张店等地搜集情报。刘杰打入顽固派徐振中部取得其信任。有一次他送一份重要情报，为了避免顽固派发觉，抄近路淌过一条小河。时至隆冬，水面上已结了一层薄冰，他全然不顾，胳膊、腰、背都被薄冰划破一道道口子他咬紧牙关涉过水深齐腰的小河把情报送达。后被发觉，惨遭杀害，年仅22岁。
在反击日伪军的“扫荡”中，各级公安局干部战士一马当先，保卫党委和抗日民主政府机关安全，配合主力参加战斗，侦察敌情，传递情报。同时抽出一部分力量深入根据地发动基层锄奸干部群众，摧毁日伪保甲制、连坐法、良民证等，在根据地农村建立两面政权。日伪军年至年推行了5次治安强化运动，在我有力反击下均以失败告终。
为争取分化瓦解伪军清河区行署公安局根据不同时期的斗争重点，适时地提出切合实际的斗争策略和斗争措施。在敌据点炮楼中建立内线，教育汉奸、伪顽人员要有中国人的良心，“身在曹营心在汉”，为自己留条后路。为了惩治死心塌地的汉奸，实施镇压与宽大相结合的政策，开展记“黑红点”、《善恶录》的工作。凡暗中帮助我者，不祸害老百姓者，记红点；做坏事的记黑点，记了黑点就向伪军、伪属或敌占区群众广为宣传，屡教不改的坚决予以镇压。
博兴公安局处决了北极宫伪警察所罪大恶极的特务刘兆信（绰号“仨鼻子眼”），把“仨鼻子眼”的“黑红点”、《善恶录》盖在他的尸体上，起到了杀一傲百的作用。离北极宫十里路有个王木匠据点，看到“仨鼻子眼”的下场，吓坏了，据点内的伪中队长送信给公安局说“俺们也是中国人，今后不再死心塌地为日本人卖命了，要为自己留条后路，请公安局高抬贵手。”
公安局及公安局武装——政卫队神出鬼没，战斗在炮楼林中，使伪军、日特闻风丧胆。蒲台小营据点附近的群众遭到伪军政人员压榨的时候，就敲打他们说“为人不走正道，出门碰上王豹”(指王秉忠)。经过公安局有力的打击和分化瓦解，许多据点的伪军头头主动和公安局交“朋友”，送子弹、药品给公安局，并表示不祸害老百姓。清河区是胶东、冀鲁边、鲁中三个战略区的交通枢纽，也是同中共山东分局联系和干部来往的必经之路。日伪在清河区修建了多个炮楼、据点，封锁严密，干部的来往主要靠公安机关护送。清河区公安局在西起邹长、东至垦区，设立了10多个交通站，由忠实可靠的共产党员任站长，完成了无数次护送干部的任务。当时，这条秘密交通线有“红色走廊”之称。
清河区公安局还承担着保管清河区党费的任务。当时交的党费大多是银圆，很沉重、携带困难，在经常行军、反击日伪“扫荡”的情况下，公安局克服困难，想尽办法完成保管任务，分毫不差。由胶东送往延安的金条，也经过清河区转送。有时形势恶化一时送不出去就把金条缝在子弹袋里背在身上，主要由李震局长和行局的几个科长承担这一工作。每次转送金条都如数接进，如数送出，从未出过差错。
年8月15日，清河区行署公安局局长李震在去清西检查工作途中遭遇日伪军“扫荡”不幸被捕，因叛徒告密暴露身份。张店日军混成第六旅团俘虏收容所所长三浦，听说李震是清河区的公安局长，如获至宝，用各种酷刑如压杠子、吊梁头、灌辣椒水等折磨他，妄图让他说出清河区党政军组织的秘密。李震坚强不屈，痛斥日军。三浦一看硬的不行，又采取改善生活等软化的办法，并派了一个叫邢作伍的对他劝降。邢作伍原是第四支队的抗日干部，被俘后没暴露身份，在收容所负责俘虏登记。他被李震的高尚气节所感动，劝降时吞吞吐吐。李震看出了邢的心思，给他讲历史上文天祥“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”的诗句，讲《三国演义》的徐庶，“人在曹营心在汉”。几天后，邢表示决心和李震站在一起，为李震送出给清河区党委景晓村和杨国夫的信。信的内容是“未战死疆场愧甚。现敌人利用各种手段折磨我，我决心保守党的机密，准备死于刑场……”
景晓村、杨国夫看到李震的信后，忧心如焚。李震是抗战以来清河区被捕职务最高的领导干部，凶残的敌人是绝不会放过他的。用钱赎、用人保恐无济于事。桓台县公安局建议武装劫狱，但条件尚不具备。正在这时，一架日军飞机迫降在昌邑县境内，飞行员山田井马被当地抗日游击队俘获押到清河区日人反战同盟支部。驻利津日军送来的公函，提出愿以钱财或武器弹药赎回山田井马。根据情报得知，山田是日本关东军一高级将领的亲属，日军指示济南和张店的驻军一定要救回山回井马。经清河区党委决定，和清河军区敌工部门的努力，最后以山田井马换回被捕的李震与李铁锋(临淄县抗日民主政府县长)。
清河区各级公安机关，从无到有，从小到大，从弱到强，在极艰苦困难的斗争环境里，发挥英勇无比的顽强作风，忍受艰苦，克服困难，前仆后继，浴血奋战，为开辟、巩固抗日根据地，保卫抗日民主政权、维护社会治安，惩治敌特汉奸做出了重大贡献。
清河区抗日根据地的司法工作也在抗日战争时期开始建立和发展。年11月，清河区主任公署建立高级审判分处，李人凤兼处长，杨仲宣任副处长。年1月，清河区召开第一次司法会议。会议指出，司法工作是抗日民主政府工作的重要组成部分，随着抗日战争形势的发展与根据地的扩大，建立司法工作已经刻不容缓。清河区司法机关暂实行两级两审制，除清河区高级审判分处(民刑诉讼第二审机关)外，要求各县设司法处(民刑诉讼第一审机关)，区村设立调解委员会。
年1月，清河区行政委员会通过并颁布《人权保障条例执行规则》，规定：人民之身体、财产及其他一切合法自由权利，非有法令的根据，任何部队、机关、团体及群众武装，不得随意侵犯；在争夺区或新解放区，尤严禁以任何借口乱行捕杀、吊打、掳架、就地处理等破坏政策的举动，违者依其所犯法条加重一半处罚；如需依法处理者，仅有团级以上部队或县府之公安司法机关有权依法审问、处理之，等等。
在抗日战争中，清河区广大司法工作者坚持正确的政治立场，一切为了抗战的胜利，既坚持司法工作为人民办事，又照顾各抗战阶层的利益，坚决反对一切破坏抗战和不利抗战的言行，坚决打击制裁一切破坏抗战的分子，为清河区抗日根据地的开辟和巩固做出了重要贡献。
清河区抗日根据地各方面的建设，大大增强了共产党同根据地人民的血肉联系，使群众更加信任党、信任人民军队。这对在极端艰苦的环境下坚持敌后抗日斗争直到胜利有着至关重要的作用。